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1、首先要明确，哪些数据是核心机密数据，不能让普通员工轻易接触到的，即使是研发型公司的代码，也是会划分等级的，要在保证员工的工作效率的前提下，对代码实施保护措施。下面简单谈一下我的看法，讲讲如何防止员工的代码泄露。
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2、如果只是为了使用和发布方便，不需要保护java代码，使用这些工具是很好的选择。
3、软件性的源代码加密是指通过软件对源码进行保护的工作。
通常比较简单的加密方法就是你把文本文件加载读取以后，得到的每一个char加上一个固定的整数，然后再保存，这样内容就看不懂了。再读取以后，把每一个char减去固定的整数，然后保存，就还原回来了。
java的扩展包很好的实现了你需要的功能。这个包在java.security.*；当然了还有很多好的加密方法，在sun的第三方jar包中有。目前密码加密使用用的是MD5加密，这个是单向加密，不可以解密。
它们都用factory方法来创建类的例程，然后把实际的加密函数委托给提供者指定的底层引擎，引擎中为类提供了服务提供者接口在Java中实现数据的加密/解密，是使用其内置的JCE(Java加密扩展)来实现的。
PasswordHash.ALGORITHM_SHA。是 SHA 加密方式，目前世界上还没有SHA的解密算法，也就是说，这种加密方式，是单向加密，一旦加密，就无法破解！能用的方法就是，将输入的密码也通过SHA加密，然后比对加密后的字符串。
通常比较简单的加密方法就是你把文本文件加载读取以后，得到的每一个char加上一个固定的整数，然后再保存，这样内容就看不懂了。再读取以后，把每一个char减去固定的整数，然后保存，就还原回来了。
加密解密并非java才有的，所有编程语言都有加密和解密。目前的加密解密主要可分为以下2大类：对称秘钥加密：如DES算法，3DES算法，TDEA算法，Blowfish算法，RC5算法，IDEA算法等。
Java有相关的实现类：具体原理如下对于任意长度的明文，AES首先对其进行分组，每组的长度为128位。分组之后将分别对每个128位的明文分组进行加密。对于每个128位长度的明文分组的加密过程如下：(1)将128位AES明文分组放入状态矩阵中。
这很简单，最简单的加密就是对字节取反，加密和解密都是同一个，很方便。
而且还结合翔实的范例说明了各种算法的具体应用场景；综合应用篇既细致地讲解了加密技术对数字证书和SSL/TLS协议的应用，又以示例的方式讲解了加密与解密技术在网络中的实际应用，极具实践指导性。